Основними завданнями та напрямами діяльності Миколаївського національного аграрного університету згідно з Концепцією розвитку є:
- розвиток університету як регіонального освітнього і наукового центру підготовки кадрів для агропромислового виробництва, науки, освіти, культури, економічної і соціальної діяльності;
- підвищення рівня кадрового потенціалу університету і розвиток наукових шкіл;
- створення системи поточної перспективної оцінки ринку інтелектуальної праці;
- відкриття нових спеціальностей і спеціалізацій для підготовки кадрів відповідно до потреб ринку праці;
- створення системи керування якістю освіти, удосконалення змісту університетської освіти і технології освітньої діяльності;
- удосконалення нормативної бази університету, структури і методів управління, розвитку системи виховної роботи;
- розвиток матеріально-технічної бази та соціальної інфраструктури університету;
- розширення сфери міжнародної діяльності університету.
Концепція розвитку Миколаївського національного аграрного університету на період 2016-2022 рр.